W strukturze Centrum znajdują się i podlegają Dyrektorowi Centrum:

• Sekcja Administracyjna;
• Sekcja Przedsiębiorczości Akademickiej;
• Sekcja Współpracy z Otoczeniem Gospodarczym;
• Sekcja Ewaluacji i Akredytacji;
• Sekcja Komercjalizacji i Zarządzania Własnością Intelektualną;
• Rzecznik Patentowy;
• Pełnomocnik ds. Jakości Badań;
• Pełnomocnik ds. Przedsiębiorczości Akademickiej.